Od začetka leta 1995 do leta 2010 smo vrt s sredstvi mestne občine Ljubljana prenovili, kasneje pa smo dobili še sredstva s strani države. Čeprav teh sredstev ni bilo dovolj, smo jih dobro izkoristili, veliko dela je bilo opravljeno z vrtnim osebjem, kar je pripomoglo k hitrejši in cenejši prenovi. Prenovili smo vse stavbe v vrtu, obnovili vodne površine, temeljite prenove ni bil deležen samo stari rastlinjak, predvsem zaradi različnih načrtov in dolgoletnih obljub, tako da do danes še ni bil prenovljen. V letih 1997 in 1998 smo prenovili vrtno ograjo, leta 1999 smo začeli s prenovo stavb, ki so bile dokončane zaradi pomanjkanja sredstev šele v letu 2005 / 2006. Tam smo dobili večjo večnamensko predavalnico. Tedaj so bili že zastavljeni temelji za nov večji rastlinjak, vendar do realizacije ni prišlo. V letih 2001 in 2003 smo uredili prostor za sredozemske rastline in ob rastlinjaku smo začeli z urejanjem tematskega formalnega vrta. Staro upravno zgradbo smo prenovili v letu 2001 in v njej začeli z rednimi predavanji in delavnicami za širšo javnost. Leta 2006 smo že pripravljeno gradbiščno jamo za novi rastlinjak ponovno zasuli. Ta del smo spremenili v suhi travnik. Tropski rastlinjak je preko Univerze financiralo ministrstvo za visoko šolstvo znanost in tehnologijo. Dela so se začela 23. marca v letu praznovanja 200 letnice vrta, tropski rastlinjak pa smo slovesno odprli 10. decembra 2010.
V letu 2000 smo na novi lokaciji bodočega vrta pod Rožnikom ob Biološkem središču na Večni poti, na vhodu v bodoči vrt zasadili nasad japonskih češenj, darilo države Japonske Sloveniji. Leta 2004 smo na tej lokaciji dokončali še nedokončani rastlinjak z v vrtu težko privarčevanimi sredstvi. Že poleti 1998 smo začeli s pobudo, da bi najeli suhi travnik na obrobju Ljubljane. To smo kasneje tudi realizirali. Tako ima tam vrt poleg Jegličevega doma, ki ga je v letu 1970 prof. Jeglič podaril botaničnemu vrtu (Strgar 1985), v neposredni bližini na spodnjih terasah Save najet še 2 ha velik suhi travnik, ki ga enkrat letno pokosimo. Od leta 1995 smo v vrt začeli prinašati nove rastline, takoj smo pričeli s prenovo označevanja rastlin, ki smo jih z letom 2000 začeli še digitalizirati in tedaj smo uvedli nove napisne tablice, kjer ima vsak rastlina svojo šifro. Od januarja 2009 je na internetni strani na ogled seznam rastlin, ki postopoma dobiva več informacij.
Od leta 1995 je vrt včlanjen v mednarodno organizacijo botaničnih vrtov Botanic Gardens Coservation International (BGCI) od leta 2003 pa še v mednarodno združenje alpskih botaničnih vrtov AIGBA (Associazione Internazionale Giardini Botanici Alpini). Od vstopa Slovenije v Evropsko Unijo 2004 zastopamo v Evropskem konzorciju botaničnih vrtov mrežo slovenskih botaničnih vrtov. Vsako leto še vedno izdajamo Index seminum - seznam v vrtu in v naravi nabranih semen rastlin. V današnjem času ga pošljemo na 300 botaničnih vrtov po svetu. Od 140 do celo 180 botaničnih vrtov letno naroči semena rastlin, tako da letno pošljemo preko 2000 zavojčkov semen. Udeležujemo se mednarodnih srečanj in kongresov botaničnih vrtov, kjer aktivno sodelujemo. V letu 2007 je bil vrt predstavljen skupaj z drugimi zgodovinsko pomembnimi botaničnimi vrtovi na svetu v delu Botanic garden a Living History (Monem 2007). Poleg tega smo v teh letih izdali kar nekaj del o naših rastlinah, ki so doživela mednarodne recenzije. Prav na osnovi teh del so nas povabili, da to predstavimo v samem srcu hortikulture - Angliji.
V jeseni 2009 smo vsaj začasno začeli z upravljanjem tivolskega rastlinjaka in vsaj simbolično po 200 letih prišli na že v samem začetku leta 1809 ponujeno mesto za botanični vrt - nekje na tem območju in tudi potem še nekajkratno zelo resno lokacijo za vrt (Voss 1885, rokopisni vir, Paulin, rokopis 1928, Lazar, rokopis 1945, Lazar 1960).
200 letnico neprekinjenega delovanja je vrt obeležil z jubilejno izdajo treh zgodovinskih prispevkov skupaj z vsakoletnim seznamom semen. Maja je izšel prvič v zgodovini vrta kovanec za 2 € kovanec, ki je obeležil 200 letnico vrta. Izdala ga je Banka Slovenije, na njem je upodobljena hladnikija. Do sedaj je to edini Evropski vrt obeležen na everskem kovancu. Že novembra 2009 smo vrt in njegovo 200 letnico skupaj z Zavodom za turizem Ljubljana predstavili na londonski turistični borzi in tako pokazali, da ima vrt za Slovenijo širši pomen. Pošta Slovenije je izdala dopisnično razgledenico. Televizija Slovenija je posnela 30 minutni film o delovanju botaničnega vrta in ga 30. marca 2010 prvič predvajala, kasneje je iz posnetega gradiva nastal še daljši 50 minutni film, ki je bil prvič predvajan prav na otvoritvi tropskega rastlinjaka. Vrt je zelo prisoten v medijih, kar je v mednarodnem letu biodiverzitete še dodatno poudarilo njegovo 200 letno delovanje in skrb za ohranitev in predstavitev rastlinskega sveta Slovenije. Med 12. in 16. majem je botanični vrt in s tem Slovenija prvič po vstopu Slovenije v Eu gostila predstavnike vseh nacionalnih mrež botaničnih vrtov držav članic in nekaterih opazovalk.
Vrt je bil v letu 2008 razglašen za kulturni spomenik državnega pomena, prej je od leta 1991 imel status spomenika lokalnega pomena. Čeprav so v vsej njegovi zgodovini razpravljali o preselitvi botaničnega vrta, ta na tem mestu vendarle ostaja še naprej. Kljub številnim menjavam oblasti, držav ni prenehal z delovanjem. Kar v sedmih državah je v tem času deloval, če štejemo, da je Slovenija danes članica Evropske unije. Marmontova lipa, posajena leta 1810, po več kot 200 letih obiskovalcem vrta še vedno nudi senco.
Po letu 2010 je vrt dobil še urejeno okolico rastlinjaka z novimi gojitvenimi gredami, kuhinjskim in zeliščnim vrtom ob rastlinjaku. V letu 2013 smo pričeli s projektom vrtičkov izven vrta skupaj z Mestno občino Ljubljana in RTV Slovenija. V tem letu smo prav tako skupaj z MOL obnovili stari rastlinjak in ga odprli za javnost. Vrt je dobil urejeno knjižnico pokojnega prof. dr. Toneta Wraberja, ki je donacija družine Wraber. Odprli smo jo septembra 2013. Junija 2014 je v vrtu zaživela čajnica, ki je bila projekt Turizma Ljubljana, BIC-a in Botaničnega vrta. Vrt je tako dobil zaokroženo podobo. Še vedno gostuje v rastlinjaku v Tivoliju, kjer je v poletnem času na ogled v zunanjem delu še večji del sredozemskih rastlin na zelenici pred rastlinjakom. Tropski rastlinjak, ki je bil odprt v letu 2010 pa je postal prava tropska džungla.
